Eine klinische Obduktion bei im Krankenhaus verstorbenen Patienten, auch Autopsie oder Sektion genannt, wird dann durchgeführt, wenn die natürliche Todesursache unklar ist und Grund- und Folgeerkrankungen geklärt werden müssen. Im Vorfeld muss immer die Zustimmung der Angehörigen eingeholt werden.
Obduktionen sind in der Pathologie ein wichtiger Bestandteil einer qualitätsgesicherten Medizin. Mögliche Erkenntnisse daraus können für die Behandlung künftiger Patienten hilfreich sein.
Oftmals hilft das Resultat einer Obduktion den Angehörigen, zu verstehen, warum ein Verwandter verstorben ist.
Weitere Indikationen für die Durchführung einer Obduktion sind zum Beispiel der Nachweis von Erbkrankheiten, ansteckenden Vorerkrankungen oder von Berufs- und umweltbedingten Krankheiten. Insbesondere bei Letzteren dienen die erhobenen Befunde häufig als Grundlage für versicherungsrechtliche Belange.
Obduktionen nehmen im Vergleich zur Diagnostik am lebenden Menschen einen deutlich geringeren Teil der Arbeit des Pathologen ein.
Häufig wird mit der Pathologie eine gerichtsmedizinische Autopsie bei Verdacht auf eine nicht natürliche Todesart wie Unfall, Tötungsdelikt oder Suizid, gedanklich verbunden. Hierfür ist jedoch die Gerichtsmedizin zuständig.